Der älteste Herbarbeleg lässt sich auf das Jahr 1814 zurückführen und entstammt der Sammlung des Arztes Johannes Krauer (1792–1845). Die über 200-jährige Sammeltätigkeit ermöglicht bei verschiedenen Arten langjährige Datenreihen, die Rückschlüsse auf Veränderungen des Pflanzenvorkommens und der Umweltbedingungen erlauben. Insgesamt umfassen die Botanischen Sammlungen rund 150'000 überwiegend digitalisierte Belege von Gefässpflanzen, Moosen, Pilzen und Flechten.